Chr. Keller valgte at placere skolebørnene i det højst placerede afsnit af hele området. Skolebygningerne, der havde plads til 150 åndssvage børn, blev opført i røde mursten med grønne tage i år 1901. Den blev delt i 3 afsnit: for piger, drenge og forsøgsbørn; hver forbundne med lave mellembygninger. Forsøgsbørn betød, at lærerne med test og undervisning fandt ud af, om eleverne kunne tilegne sig skolefærdigheder.
Skolelederen havde en lejlighed øverst oppe, men den blev i 1940 inddraget til forsøgsbørnehave for 15 børn.
Under 2. verdenskrig blev skolen brugt til at huse beboerne fra "Sølund" i Skanderborg, da denne institution blev beslaglagt af tyskerne og skulle rømmes i løbet af få dage i februar 1944. Skolebørnene blev så vidt muligt hjemsendt.
Det moderne menneske anså individer med den længste boglige uddannelse for at være de mest dannede. Dannelsen foregik derfor ovenfra og nede gennem de forskellige sociale grupper. Det franske hof var forbillede for det danske hof. Kongehuset forbillede for det bedre borgerskab. Det bedre borgerskab forbillede for byboerne. Byboerne forbillede for bønderne. Bønderne forbillede for småfolk og småfolk ikke forbillede for noget som helst. På den måde blev de herskendes livsformer alles livsformer, og forskellene mellem de sociale grupper blot varianter over samme tema. Dannelsen var derfor en vigtig læreproces også for de åndssvage. På Skolehjemmet skulle de åndssvage børn have del i denne dannelse gennem undervisning og opdragelse.
Børnene var ganske vist ikke helbredelige, allerhøjest forbederlige. Men hvis man ikke længere kunne disciplinere dem til at få en plads i samfundet, så kunne man i det mindste forsøge at disciplinere dem til ikke at skade samfundet. Beskæftigelse skulle således sikre, at den åndssvage ikke henfaldt til sløvhed eller hengav sig til sine instinkter i form af voldelig og seksuel adfærd.
Lærerne opdelte børnene i A-børn og B-børn; alt efter deres intelligens og nytteværdi. Så kunne man se, hvem der var værd at give del i dannelsen, og hvem der ikke var. Undervisningen i den teoretiske skole var forbeholdt de A-børn, der var i stand til at lære at læse, skrive, lære en vis grad af disciplin og selvkontrol. Undervisningen indeholdt omtrent de samme fag som i den almindelige skole. Her som ude i den virkelige verden, bestod undervisningen i udenadslære og alenlange opremsninger af alt fra kongerækker til Ruslands floder, bjerge og dyrarter. Bestræbelserne gik i første omgang på at få børnene konfirmeret.
Den praktiske skole var derimod beregnet til de dårligere begavede børn. Altså B-børn som havde svært ved at lære boglige færdigheder. Her var vægten i stedet lagt på det manuelle arbejde. De kunne ganske vist ikke blive konfirmeret, til gengæld kunne de blive beskæftiget med forskelligt håndarbejde. På skolen var dertil indrettet særlige arbejdssale, hvor børnene kunne sidde og strikke, væve eller kniple. Der var også indrettet undervisningslokaler til madlavning og vask. Målet var at gøre børnene egnede til en plads på et af arbejdshjemmene.
(Delvis kilde: Billeder fra en anden verden)
Professor Kellers tanker og ideer fremgår meget sigende på den sten, som var placeret ved skolen. Teksten lyder: "Her opdrages Barnet i Skole og Hjem at hver lille Evne kan bæres Frem". Stenen er nu placeret ved indkørslen til museet.